Los franciscanos y dominicos intervinieron en esta construcción de grandes dimensiones. La parroquia presume una fachada de estilo herreriano; sobresale el ático con los escudos de la orden de los franciscanos y de los dominicos, con los anagramas de Jesús Hombre Salvador y la Virgen María, y con la figura del Cordero de Dios, al centro. Su interior devela un estilo barroco. Los altares son de cedro teñido con hoja de oro; en la bóveda se representan las imágenes de la Inmaculada Concepción de María; los muros lucen pinturas que muestran pasajes de la historia de San Francisco de Asís y de los franciscanos en el tiempo de la conquista.

En el siglo XVI, el conjunto conventual contaba con una amplia capilla abierta, cuatro capillas posas, un claustro, la parroquia, una cruz atrial, un extenso atrio y unos arcos de acceso labrados por manos indígenas. Hoy, estos arcos se miran exentos del conjunto, sobre la calle Centenario, como dando la bienvenida a quienes entran al Jardín Centenario; ese que en 1800 fuera usado como cementerio cuando la peste del cólera corrompió el barrio.   Historias interesantes se han escrito en este recinto, uno de los tres templos más antiguos de la Ciudad de México. Su belleza lo ha convertido en escenario de documentales, películas, telenovelas y conciertos de música clásica y sacra.