El Jardín cuenta a lo largo de los senderos, con diferentes áreas basadas en el uso y en el hábitat natural de las especies vegetales. Es un espacio para la observación y el conocimiento de las plantas a manera de museo viviente. Con base en especies vegetales y animales de la región costa de Oaxaca, se realizan actividades de investigación conservación y educación, así como su difusión a la sociedad.