Los franciscanos llegaron a Huichapan en 1531, y de los primeros tiempos de evangelización subsiste la magnífica cruz atrial, del siglo XVI, elaborada en cantera rosa y cuyas decoraciones que muestran rasgos europeos e indígenas rememoran la Pasión de Cristo. A espaldas de esta cruz se localiza el conjunto de los tres templos. El del centro, es la Capilla de Nuestra Señora de Guadalupe, que posee una bella fachada adornada por una torre de cantera; a la izquierda se ubica la Capilla de la Tercera Orden, con portada barroca y un magnífico retablo barroco en su interior; y, a la derecha, la Parroquia de San Mateo Apóstol, que conserva dos portadas churriguerescas y hermosos retablos. Además de este conjunto, están la Capilla del Calvario, una iglesia bella y rara dedicada a la imagen del Cristo del Calvario, y la Capilla de San Mateo que aunque tiene un exterior muy sobrio alberga una bonita imagen del santo patrono.