Fue construida en el lugar donde el padre Kino estableció la misión en honor a San Francisco Javier, quien desde entonces ha sido un santo muy venerado en todo el estado. En una de las capillas del recinto se veneraba a este santo hasta el 2013 cuando se le construyó su recinto especial a un lado del templo. A finales de septiembre y principios de octubre alrededor de la parroquia se celebra la fiesta en honor a San Francisco Javier.