Abarca la historia de Malinalco desde sus orígenes prehispánicos, cuando se le nombró así por su devoción a Malinalxóchil, diosa mexica de las artes oscuras y la hechicería.
Aunque pequeño, el museo es magnífico: dentro conserva la estatua del dios Ehécatl hallada en el Cerro de los Ídolos, además de un jardín botánico, una librería, una sala dedicada a la herbolaria de la región y un acuario con truchas.
